部分蝙蝠是保护动物。
蝙蝠种类众多,只有部分种类属于保护范围,例如普通蝙蝠已列入《世界自然保护联盟》(IUCN)2008年濒危物种红色名录。1996年世界自然保护联盟物种生存委员会(IUCN/SSC)出版的《1996年受胁动物红色名录》中公布了蝙蝠(翼手目)动物受胁状况,指出处于极危险(CR)种类有26种,濒危(EN)有32种,易危(VN)有173种,总计231种,仅次于啮齿类(330种)。中国已有记录的蝙蝠(翼手目)中,有许多是特有种或稀有种,《中国濒危动物红皮书·兽类》中列入受威胁较大的蝙蝠有8种。